"Syphon Filter" jest grą akcji ukazaną z perspektywy trzeciej osoby. Kierujemy w niej specjalnym agentem rządowym Gabrielem Loganem. Naszym zadaniem jest unieszkodliwienie grupy terrorystów, którzy przejęli kontrolę nad Waszyngtonem i grożą zdetonowaniem bomby biologicznej. Los milionów niewinnych ludzi spoczywa w naszych rękach. Gra oferuje nam kilkanaście powiązanych ze sobą misji. Przejście ich wszystkich wymagać będzie od nas zarówno refleksu, jak i rozwiązywania łamigłówek.